La recherche avancée est disponible sous le champ de recherche principal.
Ce lien donne accès :
Tutoriel de la Bibliothèque de médecine de Yale sur la stratégie de recherche en langage naturel.
La recherche avancée donne accès à un outil permettant de construire facilement des équations de recherche : le Search Builder.
En haut, la barre se remplit automatiquement avec les éléments rentrés dans le Builder pour former une équation de recherche, qui apparaît en grisé :
Les menus déroulants permettent de choisir le champ interrogé et l'opérateur booléen à utiliser :
Il est possible d'ajouter ou supprimer des lignes avec le + ou le - à droite de la ligne : 
Il faut ensuite choisir entre voir les résultats correspondant à cette requête dans PubMed (Search) ou simplement voir le nombre de résultats ou combiner la requête avec une autre (Add to history) : 
Il est également possible d'utiliser des requêtes de l'historique de recherche pour alimenter le Search Builder (voir ci-dessous sur l'historique de recherche).
Sur quels champs faire porter la requête?
L'historique de recherche se trouve sur la même page que la recherche avancée. Il montre toutes les requêtes opérées récemment sur un même poste informatique. Il est effacé après 8 heures d'inactivité.
Il est possible de basculer une requête dans le search builder en cliquant sur Add. Cela permet de la combiner avec d'autres champs ou requêtes ou de l'éditer.
En cliquant sur le nombre de résultats à droite, on revient à la page de résultats.
En cliquant sur le numéro de la requête à gauche, plusieurs options d'affichent : possibilité de combiner la recherche avec des booléens, relancer la recherche dans PubMed, supprimer la recherche de l'historique, sauvegarder dans le compte My NCBI...
Il est possible de combiner les recherches à partir de l'historique de recherche, soit en les ajoutant au Search Builder (Add), soit en sélectionnant directement le booléen à utiliser en cliquant sur le numéro de la recherche:
