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PubMed : Trucs et astuces: Présentation

Guides pour maîtriser PubMed, moteur de recherche de données bibliographiques de l'ensemble des domaines de spécialisation de la biologie et de la médecine.

PubMed

  • Base de données bibliographique de référence en sciences biomédicales et sciences de la vie.
  • Gérée par le National Center for Biotechnology Information (NCBI) et la National Library of Medicine (NLM) des Etats-Unis.
  • Comprend la base de données MEDLINE et des références bibliographiques qui n'ont pas encore été enrichies par la NLM.
  • Remonte à 1946, comprend plus de 23 millions de références d'articles.
  • Lié à un ensemble de bases factuelles sur les science biomédicales : Nucleotide, OMIM, Books, Genome Project, PubChem, etc.
  • Base de donnée gratuite, mais il est conseillé d'utiliser le lien UPMC vers la base de données pour voir la disponibilité des articles dans les collections de la BUPMC.

Tutoriels

Nouveautés PubMed

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PubMed Central

PubMed Central (PMC) est une archive ouverte, gérée également par la NLM, comportant plus de 3 millions d'articles en texte intégral accessibles librement.

Interface de recherche

Le menu déroulant permet de choisir la base de données à interroger avec le champ de recherche en haut de page (PubMed ou Mesh par exemple).

                  

Sur la page de résultats, le menu à gauche permet d'appliquer des filtres pré-définis (essai clinique, âge, humain ou autres animaux, etc.). Pour voir tous les filtres disponibles, cliquer sur "Show additional filters". Ils permettent d'affiner la recherche.


Attention, les filtres restent activés, penser à les désactiver quand on passe à une autre recherche : soit en recliquant dessus, soit en cliquant sur "Clear all" en haut des résultats.

Attention : le filtre Full text available ne correspond pas aux articles disponibles par les abonnements de l’UPMC, mais aux articles pour lesquels une version en ligne existe.

La recherche avancée est disponible sous le champ de recherche :

Ce lien donne accès :

  • au Search Builder qui permet de construire facilement des équations de recherche complexes ;
  • à l'historique de recherche.

Voir la partie Recherche avancée pour plus d'information.

Les mots-clés MeSH

Dans PubMed, les articles sont indexés avec un système de mots-clefs hiérarchisés : le MeSH (Medical Subject Headings), qui permet de :
  • Prendre en compte automatiquement les synonymes (Trisomy 21 = Down Syndrome = Mongolism)
  • Chercher sur le sujet seulement des articles (ex: revue Cell/docteur Cell)
  • Réaliser des recherches fines, en allant du général au particulier

Attention : les articles les plus récents (deux semaines) n'ont pas de mot-clé MeSH. Il faut quelques jours entre l'entrée dans la base de données et l'enrichissement des notices par les documentalistes de la NLM.

Pour plus de détails sur l'utilisation des mots-clés MeSH, voir la partie dédiée.

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