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PubMed : Trucs et astuces: Le compte My NCBI

Guides pour maîtriser PubMed, moteur de recherche de données bibliographiques de l'ensemble des domaines de spécialisation de la biologie et de la médecine.

Le compte My NCBI : pour quoi faire ?

La création d'un compte MyNCBI (gratuit) permet de :

  • Sauvegarder ses recherches et ses résultats de recherche, paramétrer des alertes
  • Personnaliser l'interface de recherche de PubMed
  • Créer des filtres personnalisés sur les résultats de recherche

Création d'un compte

Pour créer un compte, cliquer sur en haut à droite, puis sur Register :

 

 

Tutoriel vidéo (anglais) : compte My NCBI

Tutoriel vidéo (anglais) : recherches sauvegardées

Tutoriel (anglais) : filtres

Tutoriel vidéo (anglais) : collections

Tutoriel vidéo (angalis) : My Bibliography

Présentation et personnalisation

Le compte My NBCI se présente sous la forme de boîtes qui peuvent être déplacées sur la page. Chaque boîte correspond à une fonctionnalité différente :

  • Recent Activity : l'historique des 6 derniers mois. L'historique de la session sera enregistré uniquement après connexion. Il est possible de nettoyer l'historique.
  • Saved Searches : recherches sauvegardées. Il est possible de sauvegarder toute les recherches dans PubMed. Le nombre de nouveaux articles depuis la dernière fois que la recherche a été lancée figure pour chaque recherche.
  • Filters : filtres personnalisés permettant de voir combien de résultats correspondent à un critère donné et de filtrer les résultats en conséquence.
  • Collections et My Bibliography : permet de sauvegarder des résultats sur une thématique et de rendre ces sélections publiques. My Bibliography est une collection destinée à accueillir les publications de la personne détenant le compte My NCBI.
  • SciENcv : CV scientifique alimenté par My Bibliography et d'autres données disponibles sur les bases de données My NCBI.

Il est possible de modifier les NCBI Site Preferences en haut à droite du compte My NCBI :

Dans les préférences de PubMed, il est conseillé de choisir l'Outside Tool de l'UPMC afin que le résolveur de lien soit affiché automatiquement après authentification (plus besoin de passer par le lien d'accès UPMC). Dans les Display settings, il est également conseillé de choisir "Abstract", pour que le résolveur de liens soit visible dès la page de résultats.

Dans les préférences générales, il est possible de désactiver l'autocomplétion (Auto Suggest) qui complète automatiquement la requête entrée dans le champ de recherche principal :

Saved Searches et alertes

Sauvegarder une recherche permet de réutiliser une équation de recherche pertinente et de voir régulièrement quels sont les nouveaux articles correspondant à cette recherche. Toutes les requêtes peuvent être sauvegardées après authentification :

soit directement sur la page de résultats, sous le champ de recherche :

soit à partir de l'historique de recherche :

Avant de sauvegarder la recherche, il est également possible de paramétrer une alerte par mail :

Dans le compte My NCBI, on retrouve toutes les recherches sauvegardées dans la boîte correspondante, qui fait office de tableau de bord pour voir combien de nouveaux résultats ont été publiés depuis la dernière fois que la requête a été utilisée (what's new):

Il est également possible de gérer les recherches sauvegardées (Manage saved searches) : supprimer des recherches, gérer les paramètres d'alerte (roue crantée) :

Il est possible de modifier le paramétrage des alertes par mail en cliquant sur la roue crantée à côté de chaque recherche sauvegardée dans "Manage saved searches". Ce sont les mêmes paramètres qu'au moment de la sauvegarde de la recherche, à savoir :

  • Fréquence (quotidienne, hebdomadaire, mensuelle)
  • Jour de la semaine où l'alerte sera envoyée
  • Format (choisir de préférence summary ou abstract)
  • Nombre d'éléments
  • Texte introductif optionnel

NB : c'est également à cet endroit que l'on peut désactiver les alertes mail.

Filters

Les filtres permettent de personnaliser son interface de recherche en indiquant combien de résultats correspondant à un critère donné.

Exemple :

Il existe 4 types de filtres:

  • LinkOut : liens d'accès de bibliothèques (exemple : INIST, AP-HP), liens à d’autres bases, au texte intégral, etc. Il y a souvent un filtre sous forme de lien et un filtre sous forme d'icône. L'icône n'apparaît que si la ressource est disponible via l'accès en question.
  • Properties : dates, limites PubMed, toutes les données enrichies par les documentalistes
  • Links : liens vers PubMed Central et autres ressources NCBI
  • Create custom filter : créer un filtre à partir de n'importe quelle requête (un mot-clé Mesh, un nom d'auteur, un titre de journal, etc.)

Il est possible d’utiliser simultanément15 filtres maximum sur PubMed.

Pour ajouter un filtre, choisir la base PubMed :

Ensuite, choisir le type de filtre. Il est possible de faire une recherche par mots-clés.

Il suffit de cocher les filtres intéressants pour qu'ils soient ajoutés, et de les décocher à gauche pour les supprimer.

Pour créer un filtre personnalisé, cliquer sur et entrer la requête souhaitée. Par exemple, pour créer un filtre sur l'auteur Stefan W. Hell :

NB : les filtres LinkOut existent pour l'AP-HP, l'INIST et Biblioinserm. Pour les accès UPMC, il faut utiliser le résolveur de liens, qui est à jour.

Les filtres apparaissent en haut à droite de la page de résultats et permettent de limiter les résultats et de savoir combien de résultats correspondent à ce critère :

Par exemple, le filtre INIST ne montre que les résultats disponibles sur Bibliovie. L'icône Bibliovie est présente sur ces résultats :

Pour revenir à l'ensemble des résultats, il faut cliquer sur All.

 

Collections et My Bibliography

Les collections sont des sélections de références bibliographiques personnalisables. Elles ne servent pas à faire une réelle gestion de référence bibliographique (Zotero est plus adapté pour cet usage) mais permettent de partager des ensemble de citations sous le format PubMed.

Pour ajouter des références aux collections : cocher les références sélectionnées puis aller dans Send to.

Il est possible d'ajouter les références à My Bibliography, à une collection déjà existante ou d'en créer une nouvelle.

La gestion des collections se fait dans le compte My NCBI. Les collections peuvent être privées ou publiques.

Dans Manage collections, il est possible de supprimer et de fusionner des collections.

En cliquant sur la roue crantée, il est possible de rendre une collection publique et de copier une URL à partager :

Il est également possible de supprimer des éléments des collections, au même endroit.

My Bibliography est une collection destinée à recueillir les articles publiés par le propriétaire du compte My NCBI. Il est également possible d'y ajouter des articles qui ne sont pas déjà dans PubMed.

Cette bibliographie se gère comme les autres collections, avec en plus la possibilité d'ajouter des références hors PubMed :

 


 

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