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PubMed : Trucs et astuces: Le thésaurus MeSH

Guides pour maîtriser PubMed, moteur de recherche de données bibliographiques de l'ensemble des domaines de spécialisation de la biologie et de la médecine.

MeSH : définition


Dans PubMed, les articles sont indexés avec un système de mots-clefs hiérarchisés : le MeSH (Medical Subject Headings), qui permet de :
  • Prendre en compte automatiquement les synonymes (Trisomy 21 = Down Syndrome = Mongolism)
  • Chercher sur le sujet seulement des articles (ex: revue Cell/docteur Cell)
  • Réaliser des recherches fines, en allant du général au particulier

Attention : les articles les plus récents (deux semaines) n'ont pas de mot-clé MeSH. Il faut quelques jours entre l'entrée dans la base de données et l'enrichissement des notices par les documentalistes de la NLM.

L'arborescence

Système de mots-clés en arborescence :
  • 16 branches principales, subdivisées en branches secondaires
  • Du général au particulier
  • Un mot peut se trouver à plusieurs endroits de l'arborescence

Sélectionner le bon terme MeSH

Quelques conseils :

  • Pour un premier niveau d'exploration, utiliser MeSH on Demand qui identifie les mots-clés MeSH à partir d'un texte copié-collé (anglais).
  • Regarder les termes MeSH attribués à un article que vous connaissez déjà (astérisque=major topic).

  • Naviguer dans l'arborescence pour voir les termes plus généraux ou plus précis pour être sûr d'être au bon niveau de précision.
  • Certains concepts n'existent pas dans MeSH : ne pas essayer d'utiliser MeSH à tout prix.
  • Découper les concepts en éléments simples et les combiner ensuite dans la recherche avancée.

Tutoriel vidéo (anglais)

Tutoriel de la Bibliothèque de médecine de Yale sur la stratégie de recherche avec MeSH.

Tutoriel vidéo (anglais)

Recherche avec ou sans MeSH ?

Sans MeSH : Mapping

PubMed cherche automatiquement une correspondance avec le terme recherché :

  • dans le MeSH,
  • puis dans l’index des titres de revue,
  • puis dans l’index des auteurs.

La recherche est lancée en plus dans tous les champs (résumé, auteur, etc.) : [All Fields]

Avec MeSH :

PubMed cherche uniquement dans les mots-clé MeSH attribués par les documentalistes de la NLM. Les résultats sont plus précis. Trois fonctionnalités de MeSH permettent d'être encore plus précis : les qualificatifs, la pondération et l'explosion (voir Détail d'un terme MeSH ci-dessous).

Détail d'un terme MesH

Pour trouver un terme MeSH, il faut interroger (en anglais) le dictionnaire MeSH, disponible dans le menu déroulant en haut de la page ou dans More Resources.


La page de résultats montre toutes les entrées du dictionnaire MeSH comportant le mot cherché. Il faut cliquer sur le terme validé correspondant au concept recherché pour accéder aux fonctionnalités MeSH.

La page d'un terme comporte plusieurs parties :

Le mot validé et sa définition

Les qualificatifs (Subheadings)

La pondération (Major Topic)

L'explosion (Not include terms found below in the hierarchy)

Les termes associés (See also)

La liste des synonymes (Entry Terms) pris en compte dans la recherche avec le terme validé

L'arborescence

Le Search builder permettant d'interroger PubMed

  • Il existe plus de 80 qualificatifs, utilisables pour définir certains aspects du sujet (ex. aspect chimique, aspect microbiologique, aspect radiographique, etc.). Ils sont attribués par les documentalistes de la NLM.
  • En fonction du terme, il y a un nombre déterminé de qualificatifs attachés. Par exemple : Nucleoproteins peut être qualifié par 26 termes alors que Lung neoplasms peut l’être par plus de 45 termes.
  • Appliquer des qualificatifs
    • à partir du MeSH : cocher le(s) qualificatif(s) et utiliser Search Builder pour interroger PubMed
    • utiliser directement la syntaxe "descripteur/qualificatif"[Mesh] dans la recherche PubMed ex : "Nucleoproteins/antagonists and inhibitors"[Mesh]
    • code [sh] (=subheading) pour utiliser un qualificatif seul et le combiner avec un ou plusieurs descripteurs (qualifiés ou non) ex : "hypertension"[Mesh] AND "toxicity"[sh]

  • La pondération permet de restreindre la recherche aux références dans lesquelles le terme est le sujet principal de l’article (major topic). 5 termes au maximum sont sélectionnés par les documentalistes de la NLM comme étant major topic lors de l'enrichissement des notices.
  • Appliquer la pondération
    • à partir du MeSH : cocher la case Restrict to MeSH Major Topic et utiliser Search Builder pour interroger PubMed
    • en utilisant directement le code [majr] dans la recherche PubMed ex : "Alzheimer Disease"[majr]
    • en combinaison avec la suppression de l’explosion - utiliser le code [majr:noexp]

La pondération permet de réduire le nombre de résultats et de se concentrer sur les articles traitant essentiellement du sujet recherché.

 

  • Par défaut, PubMed ramène l’ensemble des résultats présents dans les branches inférieures de l’arborescence.
  • Pour être plus précis, il est possible de désactiver l’explosion, ce qui limitera les résultats au terme recherché, en excluant tous ceux qui sont en dessous dans l'arborescence.
    • à partir du MeSH : cocher la case Do not include MeSH terms... et utiliser Search Builder pour interroger PubMed
    • en utilisant directement le code [NoExp] dans la recherche PubMed ex : "Brain"[NoExp]
    • en combinaison avec la pondération - utiliser le code [Majr:NoExp]

Attention :

  • supprimer l'explosion ne modifie pas le nombre de résultats lorsqu'il n'y a rien en-dessous du terme dans l'arborescence.
  • supprimer l'explosion n'est pas toujours pertinent : ne pas utiliser systématiquement cette fonctionnalité.

Pour interroger PubMed avec le mot-clé MeSH sélectionné, il faut utiliser le Search Builder en haut à droite : pour ne chercher que le mot MeSH sans qualificatifs/pondération/suppression de l'explosion, ne cocher aucune case, cliquer sur Add to search builder puis, lorsque l'équation de recherche apparaît, sur Search PubMed. Sinon, après avoir coché le(s) qualificatif(s) et/ou la pondération et/ou l'explosion, cliquer sur Add to search builder puis sur Search PubMed.

Il est possible de combiner plusieurs mots-clés et plusieurs qualificatifs en utilisant les opérateurs booléens AND, OR et NOT disponibles dans le Search Builder : il faut sélectionner le booléen avant de cliquer sur Add to search builder et ne cliquer sur Search PubMed que lorsque l'équation de recherche est terminée.

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