La création d'un compte MyNCBI (gratuit) permet de :
Pour créer un compte, cliquer sur 
en haut à droite, puis sur Register :
Le compte My NBCI se présente sous la forme de boîtes qui peuvent être déplacées sur la page. Chaque boîte correspond à une fonctionnalité différente :
Il est possible de modifier les NCBI Site Preferences en haut à droite du compte My NCBI :
Dans les préférences de PubMed, il est conseillé de choisir l'Outside Tool de l'UPMC afin que le résolveur de lien soit affiché automatiquement après authentification (plus besoin de passer par le lien d'accès UPMC). Dans les Display settings, il est également conseillé de choisir "Abstract", pour que le résolveur de liens soit visible dès la page de résultats.
Dans les préférences générales, il est possible de désactiver l'autocomplétion (Auto Suggest) qui complète automatiquement la requête entrée dans le champ de recherche principal :
Sauvegarder une recherche permet de réutiliser une équation de recherche pertinente et de voir régulièrement quels sont les nouveaux articles correspondant à cette recherche. Toutes les requêtes peuvent être sauvegardées après authentification :
soit directement sur la page de résultats, sous le champ de recherche :
soit à partir de l'historique de recherche :
Avant de sauvegarder la recherche, il est également possible de paramétrer une alerte par mail :
Dans le compte My NCBI, on retrouve toutes les recherches sauvegardées dans la boîte correspondante, qui fait office de tableau de bord pour voir combien de nouveaux résultats ont été publiés depuis la dernière fois que la requête a été utilisée (what's new):
Il est également possible de gérer les recherches sauvegardées (Manage saved searches) : supprimer des recherches, gérer les paramètres d'alerte (roue crantée) :
Il est possible de modifier le paramétrage des alertes par mail en cliquant sur la roue crantée à côté de chaque recherche sauvegardée dans "Manage saved searches". Ce sont les mêmes paramètres qu'au moment de la sauvegarde de la recherche, à savoir :
NB : c'est également à cet endroit que l'on peut désactiver les alertes mail.
Les filtres permettent de personnaliser son interface de recherche en indiquant combien de résultats correspondant à un critère donné.
Exemple :
Il existe 4 types de filtres:
Il est possible d’utiliser simultanément15 filtres maximum sur PubMed.
Pour ajouter un filtre, choisir la base PubMed :
Ensuite, choisir le type de filtre. Il est possible de faire une recherche par mots-clés.
Il suffit de cocher les filtres intéressants pour qu'ils soient ajoutés, et de les décocher à gauche pour les supprimer.
Pour créer un filtre personnalisé, cliquer sur 
et entrer la requête souhaitée. Par exemple, pour créer un filtre sur l'auteur Stefan W. Hell :
NB : les filtres LinkOut existent pour l'AP-HP, l'INIST et Biblioinserm. Pour les accès UPMC, il faut utiliser le résolveur de liens, qui est à jour.
Les filtres apparaissent en haut à droite de la page de résultats et permettent de limiter les résultats et de savoir combien de résultats correspondent à ce critère :
Par exemple, le filtre INIST ne montre que les résultats disponibles sur Bibliovie. L'icône Bibliovie est présente sur ces résultats :
Pour revenir à l'ensemble des résultats, il faut cliquer sur All.
Les collections sont des sélections de références bibliographiques personnalisables. Elles ne servent pas à faire une réelle gestion de référence bibliographique (Zotero est plus adapté pour cet usage) mais permettent de partager des ensemble de citations sous le format PubMed.
Pour ajouter des références aux collections : cocher les références sélectionnées puis aller dans Send to.
Il est possible d'ajouter les références à My Bibliography, à une collection déjà existante ou d'en créer une nouvelle.
La gestion des collections se fait dans le compte My NCBI. Les collections peuvent être privées ou publiques.
Dans Manage collections, il est possible de supprimer et de fusionner des collections.
En cliquant sur la roue crantée, il est possible de rendre une collection publique et de copier une URL à partager :
Il est également possible de supprimer des éléments des collections, au même endroit.
My Bibliography est une collection destinée à recueillir les articles publiés par le propriétaire du compte My NCBI. Il est également possible d'y ajouter des articles qui ne sont pas déjà dans PubMed.
Cette bibliographie se gère comme les autres collections, avec en plus la possibilité d'ajouter des références hors PubMed :
